Nachdem der bayrische Statthalter Adam Graf von Herberstorff eine Rebellion bewaffneter Untertanen, gegen die gewaltsame Einsetzung eines katholischen Pfarrers, im Frankenburger Würfelspiel vom Mai 1625 grausam hatte sanktionieren lassen , war die gesamte Bauernschaft Oberösterreichs in Aufruhr und genoss Solidarität auch unter den nichtbäuerlichen Schichten. Stefan Fadinger plante mit seinem Schwager Christoph Zeller einen landesweiten Aufstand, den er für Pfingsten 1626 ansetzte. Zwei Wochen vor Pfingsten begann der Bauernkrieg dann von Lembach im Mühlkreis ausgehend. Am 22. Mai wurde der charismatische Anführer, der seine Heerschar mit strenger Hand führte, und immer Leibwachen bei sich hatte, von den Bauern zum Oberhauptmann des Traun- und Hausruckviertels gewählt. Er sammelte die einzelnen Bauernhaufen und konnte in relativ kurzer Zeit Eferding, Wels, Kremsmünster und Steyr besetzen. Bei der Belagerung von Linz trafen Fadinger beim Vorbeireiten an der Linzer Stadtmauer, wie er es zum Auskundschaften einer Angriffsstelle bereits die Vortage getan hatte, am Sonntag, dem 28. Juni am Dach des Linzer Landhauses postierte Schützen am Oberschenkel und verwundeten ihn schwer. Sein Pferd kam durch die Schüsse gar ums Leben, und er flüchtete zu Fuß bis nach Ebelsberg. In seinem dortigen Hauptquartier am heutigen Fadingerplatz erlag er am 5. Juli in Folge seiner unzureichend behandelten Schussverletzung einer Blutvergiftung.

Nachfolger als Bauernführer wurde sein Schwager, der Gastwirt Christoph Zeller. Nach dessen Tod am 18. Juli konnten die Aufständischen keine wesentlichen Erfolge mehr erreichen.

Die sterblichen Überreste Fadingers ließ der bayrische Statthalter Herberstorff nach Siegen in den entscheidenden Schlachten bei Pinsdorf und Wolfsegg am Eferdinger Friedhof exhumieren, enthaupten und mit dem Leichnam von Fadingers Schwager und Kampfgefährten Christoph Zeller im Seebacher Moos verscharren. Über ihrem Grab wurde ein Galgen "zu ihrem ewigen schändlichen Nachgedenken" errichtet. Zudem wurde Fadingers Hof niedergebrannt und seine Familie "auf ewig" des Landes verwiesen.