1831 trat er in das Priesterseminar in Brixen ein und wurde am 12. April 1835 zum Priester geweiht. Er war zunächst Seelsorger in Vandans und 1836 in Bürs. 1838 studierte er am Höheren Bildungsinstitut für Weltpriester St. Augustin (Frintaneum) in Wien und wurde 1839 Professor für Kirchengeschichte und Kirchenrecht in Brixen. 1845 wurde er Spiritualdirektor des Fritaneums und Hofkaplan in Wien. Er war Lehrer Franz Josephs und seines Bruders Maximilian. Ab 1848 war er Propst von Innichen und ab 1850 Domherr von Brixen und Regens des dortigen Priesterseminars.

Am 19. Dezember 1852 ernannte ihn Kaiser Franz Joseph zum Bischof von Linz, Papst Pius IX. bestätigte ihn am 10. März 1853. Er wurde am 5. Juni in Wien zum Bischof geweiht und am 12. Juni in Linz inthronisiert.

1854 errichtete er ein kirchliches Lehrerseminar und förderte die Niederlassung zahlreicher Ordensgemeinschaften. Nach der Verkündigung des Dogmas von der Unbefleckte Empfängnis initiierte er 1855 den Bau des Neuen Doms in Linz, der Maria geweiht wurde. Der Grundsteinlegung erfolgte 1862, die Fertigstellung dauerte bis 1924.

Er war Mitglied des 1861 konstituierten oberösterreichischen Landtages und dadurch ein Mitbegründer des politischen Katholizismus. Als erbitterter Gegner des Liberalismus war er selten bereit, Kompromisse einzugehen. In einem Hirtenbrief vom 7. September 1868 rief er zum Widerstand gegen die staatlichen Schul-, Ehegesetze auf. Das Schreiben wurde beschlagnahmt und Rudigier wurde am 12. Juli 1869 wegen des Verbrechens der Störung der öffentlichen Ruhe zu zwei Wochen Gefängnis verurteilt, vom Kaiser aber begnadigt.

Diese Verurteilung machte ihn zum Volksbischof und bewirkte eine zunehmende politische Aktivität der Katholiken. 1870 konnten der „Katholische Volksverein“ und der „Katholische Preßverein“ gegründet werden. Letzterer übernahm die Herausgabe der katholischen Tageszeitung „Linzer Volksblatt“.

Das Dogma von der Unfehlbarkeit des Papstes hielt er ähnlich wie Joseph Othmar von Rauscher für nicht opportun, stimmte aber 1870 diesem Dogma beim Ersten Vatikanischen Konzil zu. Die im selben Jahr erfolgte Aufhebung des Konkordats von 1855 durch die liberale Regierung hat er nie akzeptiert.

Nach seinem Tod wurde er im Neuen Dom in Linz begraben. 1895 wurde der Seligsprechungsprozess eingeleitet