Erstmals urkundlich erwähnt wurde das Linzer Schloss gemeinsam mit der Martinskirche 799.
1477 wurde es unter Friedrich III. gänzlich umgebaut. Davon noch teilweise erhalten sind die Befestigungsmauern, die Bastionen und das Friedrichstor (Westeingang). Letzteres schmückt ein Wappenstein von 1481 (als Kopie. Das Original befindet sich im OÖ. Landesmuseum.) mit kaiserlichem Monogramm und der Devise AEIOU (Alles Erdreich ist Österreich untertan).
Um 1600 erfolgte unter Kaiser Rudolph II. der Um- und Ausbau des Schlosses nach den Plänen des niederländischen Baumeisters
Anton Muys. Dabei entstanden der mächtige viergeschossige Blockbau mit zwei Innenhöfen und das Haupttor zur Stadt (Rudolfstor 1604).
.Während der Franzosenkriege diente das Schloss als Lazarett, von wo auch der große Stadtbrand von 1800 ausging. Zerstört wurden dabei der Südflügel und ein Teil des Quertraktes. 1811 wurde das verbliebene Gebäude als Provinzialstrafhaus und von 1851 - 1945 als Kaserne genutzt.Von 1953 bis 1960 wurde es ausgebaut und restauriert.
Heute beherbergt es das Schlossmuseum, in dem urgeschichtliche und römerzeitliche Sammlungen, eine Gemäldegalerie, Sammlungen von Waffen, Musikinstrumenten, Krippen und Paramente, volkskundliche Sammlungen und ein Mostmuseum zu besichtigen sind